Em 3 de outubro de 1968, um grupo de pais, preocupados com o atendimento as crianças com deficiência mental, decidiu juntar-se e formar uma associação. Tendo à frente o engenheiro Genes de Almeida Barbosa, esse grupo fundou a Associação de Pais e Amigos dos Excepcionais, a Apae Salvador. Com sede provisória funcionando no antigo Instituto Pedagógico da Bahia, na Praça Almeida Couto, a Apae contou com a valiosa colaboração do médico Luiz Fernando Pinto, que também integrava a primeira diretoria.

Somente em maio de 1970, a Apae Salvador conseguiu alugar a sua primeira sede, um imóvel localizado na Rua Visconde de Caravelas, 168, Itapagipe. Naquela época, pouco se podia fazer, já que a Instituição estava dando apenas os seus primeiros passos. Em outubro do ano seguinte, a Apae iniciou seus trabalhos na área pedagógica. Com o auxílio da assistente social Maria Joaquina Neves e da professora Gildália Passos, 20 alunos começaram a receber orientação especializada.

A partir daí, a Apae desenvolveu-se e agigantou-se, sem perder de vista a sua proposta de despertar na consciência da comunidade a importância do atendimento ao deficiente. Em 1978, apesar da falta de recursos, com a ajuda da Secretaria do Trabalho foi inaugurado o primeiro centro de profissionalização. Dirigido a adolescentes, o centro começou a funcionar na Rua Lélis Piedade, 58, com trabalhos voltados para a área de marcenaria.

Nesta longa caminhada, a Apae contou com valiosas colaborações como a do Lions e do Rotary, que promoveram festivais, desfiles, chás e feiras para arrecadar recursos para a ampliação do atendimento. Na década de 80, a instituição viveu momentos de grandes transformações. Com a ajuda do General Gustavo Rego Reis, então comandante da 6ª Região Militar, um dos padrinhos mais dedicados que a Apae já conheceu, em um trabalho conjunto com o governador Antonio Carlos Magalhães, conseguiu a doação de uma casa, na avenida Jequitaia, para a instalação da sede da Associação, que passou a atender, nesse período, 90 crianças.

Em janeiro de 87, já de posse de um terreno doado pelo ex-prefeito Fernando Wilson Magalhães, a Apae iniciou a construção da sua nova sede na Pituba. Formou-se, então, um grande mutirão, do qual participaram órgãos públicos, empresas e a comunidade, para que, em 20 de outubro de 1989, a nova sede fosse inaugurada.

Com duas unidades, a Apae pode dividir melhor suas atividades. Nas instalações da Pituba, foram colocados o Centro Educacional Especializado (Ceduc), para alunos de 2 a 16 anos, a Administração, o Centro de Estudos e Difusão de Tecnologia (Cedit), o Laboratório de Análises Clínicas (Labac) e o Centro Médico (Cemed). O prédio da Jequitaia passou a funcionar como o Centro de Formação e Acompanhamento Profissional (Cefap), destinado aos aprendizes a partir dos 16 anos. Hoje, a Apae conta também com mais seis imóveis alugados, onde funcionam o Centro de Diagnóstico e Pesquisa (Cedip), a Central de Captação de Recursos, o Clube das Mães, a segunda unidade do Laboratório de Análises Clínicas (Labac), uma unidade para os serviços de RPG e Pilates e o anexo que abriga serviços de Fisioterapia (estimulação precoce e terapia ocupacional), uma área de lazer e o Núcleo de Apoio às Mães do Cedip. 

A Apae atende a uma clientela formada pelos 728 alunos e aprendizes do Ceduc e do Cefap. Em 41 anos de trabalho, o objetivo da Instituição continua sendo o mesmo: atender a pessoa com deficiência mental com serviços de qualidade e o firme propósito de torná-lo cidadão, respeitando seus direitos e deveres.