A estimulação precoce é um dos principais atendimentos oferecidos pela Apae Salvador na área de fisiterapia. O atendimento é dedicado a crianças de 0 a 2 anos (acima disso eles são encaminhados para a fisioterapia neurológica), que possuem atraso no desenvolvimento neurológico, cognitivo e/ou motor.

Esta modalidade inclui ainda crianças com Síndrome de Down, bebês prematuros, paralisia cerebral, hidrocefalia e deformidades congênitas.