A atual dinâmica de funcionamento está pautada nas premissas legais para a Educação Especial na perspectiva da Educação Inclusiva, mais notadamente na Resolução nº 04, de 02 de outubro de 2009, do Conselho Nacional de Educação, e na Resolução nº 79, de 15 de setembro de 2009, do Conselho Estadual de Educação da Bahia – que instituem, respectivamente, as Diretrizes Operacionais para o Atendimento Educacional Especializado na Educação Básica, modalidade Educação Especial, e normas para a Educação Especial, na Perspectiva da Educação Inclusiva para todas as etapas e Modalidades da Educação Básica no Sistema Estadual de Ensino da Bahia.

O principal objetivo do Programa é apoiar o processo educacional da pessoa com deficiência intelectual, na perspectiva da inclusão, com a premissa da interligação entre a escola especial e a escola comum. Para tanto, viabiliza a parceria entre o Centro de Atendimento Especializado e as escolas comuns, promovendo o intercâmbio de experiências entre as escolas, socializando práticas pedagógicas para promoção da inclusão escolar.

O Programa oferece subsídios teóricos e metodológicos aos docentes das escolas comuns, que tem educandos da Apae matriculados em suas classes, através de oficinas pedagógicas, seminários, workshops e encontros de capacitação em serviço. O Programa também realiza eventos de divulgação da proposta em defesa da inclusão em faculdades e universidades e, ainda, ministra cursos e palestras em instituições particulares de ensino, para captação de recursos que são utilizados em benefício do educando da Apae.